对于有明确眼外伤(如化学伤和热烧伤)及眼微生物感染或药物过敏等原因引起的眼表泪液疾病，可根据病史、裂隙灯检查及病原学检测明确诊断，对部分疑难者可应用分子生物学方法协助诊断。但对于原因不明确及既往史不清者应详细询问病史(如症状出现的时间、加重的因素、工作及生活环境等)，仔细检查。

常规检查：包括裂隙灯显微镜、睑板透照法检查(检测睑板腺功能)、Schirmer 试验(检测水液性泪液的量)、泪膜破裂时间(测定泪膜脂质层的功能)及角膜或结膜上皮细胞活体染色(观察眼表上皮细胞的完整性及粘蛋白的结构和功能)，同时对泪液的生成、分布及排出这一生理过程进行详细检查，寻找引起泪膜功能异常的原因。其他诊断方法：荧光素清除试验用于鉴别诊断泪膜功能的异常;泪膜镜观察泪膜表面的脂质层是否异常;眼表面印迹细胞学及共焦显微镜检查可了解眼表上皮细胞的形态及功能和泪膜的厚度。

由于Schirmer试验结果的可重复性差的原因，可对轻度干眼症者采用治疗性诊断方法，将胶原制成的泪小管栓子(punctual plug)阻塞泪小管，如患者症状改善，即可明确诊断。这些检查方法对于诊断眼表泪液疾病具有辅助性的诊断作用。

最新的临床研究发现，角膜地形图仪可用于泪膜异常性疾病的辅助诊断。TMS-1角膜地形图系统中反映角膜表面规则性的两个主要参数，即角膜表面不对称指数(surface asymmetry index，SAI)及角膜表面规则指数(surface regularity index，SRI)可协助干眼症及其他眼表泪液疾病诊断，并可根据此两指数的数值判断这些疾病的严重程度，同时还可用于评价药物治疗的效果。